أدانت مؤسسة الأزهر ومتحدثها الاعلامي التفجير الغاشم الذي وقع في ساحة الحرم المدني قبيل عيد الفطر، واستنكرت الحادث بأشد العبارات، لكن مع تفجير الكرادة في بغداد الذي ضرب منطقة تجارية تعج بالمتسوقين المدنيين في الأيام الأخيرة من شهر رمضان 2016، لم يخرج عن المؤسسة الغراء بيانا يشجب أو يدين الحادث، وتسببت السيارة المفخخة في اندلاع نيران هائلة في السيارات والحافلات والمتاجر، نتج عنها مقتل أكثر من 292 وجرح أكثر من 200 شخص.
التفجير تم عبر سيارة مفخخة انفجرت قرب أحد المطاعم، وأسفر عن تدمير ثلاثة مراكز تسوق، واحتراق عدد كبير من السيارات والحافلات التي كانت مركونة بالمنطقة، ورغم سقوط مئات الضحايا، لم يصدر الأزهر بيانا يعزي فيه الضحايا، كما فعل خلال الأحداث الإرهابية التي تعرضت لها أمريكا وفرنسا وإيطاليا، بزعم أن ضحايا التفجير شيعة، ويبدو أن مؤسسة الأزهر ترى أن الضحايا الشيعة لا يرقون للنعي بعد وفاتهم.