شهد المسجد الأقصى العديد من الاعتداءات الإسرائيلية منذ احتلال القدس الشرقية عام 1967، بين محاولات اقتحام وتدنيس من قبل مستوطنين متطرفين فى حراسة شرطة الاحتلال، وأعمال حفرية، والاعتداء على فلسطينيين، وأخرها إغلاقه ونصب بوابات إليكترونية لأول مرة منذ عام 1969.
ومنذ عام 2009 وحتى 2016، قام 28.247 مستوطناً يهودياً باقتحام وتدنيس المسجد الأقصى خلافاً لاتفاق الوضع الراهن باقتصار صلاة المسلمين بثالث الحرمين الشريفين، وفقاً لتقرير وكالة "الأناضول" التركية اليوم.
وفى 7 يوليو 1967 بدأت إسرائيل أعمال الحفريات حول المسجد الأقصى بعد احتلال مدينة القدس.
وقام مستوطن يهودى يُدعى "ميشيل روهان" بإشعال النيران بالمسجد الأقصى فى 21 أغسطس 1969.
وفى الـ11 من أبريل 1982، أطلق جندى إسرائيلى النيران بشكل عشوائى فى الأقصى، وقتل فلسطينيين اثنين وأصاب 6 أخرين.
كما قتل جنود الاحتلال 21 فلسطينياً لدى إطلاقهم النيران ضد احتجاجات رافضة لبناء الإسرائيليين "هيكل سليمان" المزعوم فى 10 أكتوبر 1990.
وفى 25 سبتمبر 1996، استشهد 63 فلسطينياً خلال احتجاجات ضد فتح نفق يصل إلى حائط البراق أو المبكى.
وفى 28 سبتمبر عام 2000، قام رئيس الوزراء الإسرائيلى السابق أرئيل شارون باقتحام باحة المسجد القصى بالقوة، مما أدى للانتفاضة الثانية.
وهاجم جنود الاحتلال الفلسطينيين بالرصاص المطاطى وقنابل الغاز، ثم دخلوا المسجد الأقصى وقاموا بأعمال تخريبية بداخله فى 13 يونيه 2014.
وفى سبتمبر 2015، قرر وزير الدفاع الإسرائيلى السابق موشيه يعلون حظر الحراسة الإسلامية فى الأقصى.
وفى 14 سبتمبر 2015، دخل جنود الاحتلال المسجد الأقصى بأحذيتهم، بحثاً عن 5 فلسطينيين.
فتحت إسرائيل نفق جديد، حيث يوجد 63 أعمال حفرية متواصلة بمحيط الأقصى فى 28 ديسمبر 2016.
وفى 14 يوليو 2017، قررت سلطة الاحتلال إغلاق المسجد الأقصى أمام المصلين، وفرض قيود شملت نصب حواجز إليكترونية للكشف عن المعادن بمداخل المسجد الأقصى، رافضة إزالتها تحت ذريعة عدم تكرار حوادث عنف ضد الإسرائيليين.