يواجه مناخ الاستثمار في شرق أفريقيا تحديات عصيبة في أعقاب تراجع الاستثمار الأجنبي المباشر وتعثر التجارة داخل المنطقة، واستمرار ضعف أداء الشركات المدرجة في البورصة، الأمر الذي ترك مساهميها في انخفاض مستمر أو عدم وجود أرباح على الإطلاق.
وذكرت البحوث التي تموِّلها وزارة التنمية الدولية بالمملكة المتحدة لعام 2016، أن استمرار الحواجز غير الجمركية عاقت تدفقات التجارة في المنطقة وقلّلت فوائد التكامل الإقليمي، وأشارت البحوث إلى أن الضرائب تمثل 40% من هذه الحواجز
غير الجمركية، في حين تمثل تدابير الجمارك، والتجارة 28% فقط، وأنه رغم إزالة 104 حواجز غير جمركية منذ إنشاء آلية لرصد الحواجز في عام 2009، فإنه ومنذ بداية العام الحالي وحتى الآن لا يزال هناك 25 حاجزًا لم يحلّ بعدُ يقيد التجارة داخل الجماعة.
وتأثرت كينيا وأوغندا تأثرًا شديدًا بسبب هذه الحواجز، ويرجع رفض الدول الاستثمار الأجنبي المباشر في منطقة اياك عام 2015، إلى فشل الدول الأعضاء في تعزيز المنطقة كوحدة استثمارية واحدة.
ويبين تقرير مشروع التجارة لعام 2015 الذي أعدته أمانة جماعة شرق أفريقيا، أن مستوى الاستثمار الأجنبي المباشر في المنطقة انخفض بنسبة 16% ليصل إلى 7.2 مليار دولار في عام 2015، من 8.6 مليار دولار في 2014.
وأشارت تقارير اقتصادية صادرة في أغسطس 2016، إلى أن الدول الشريكة في جماعة شرق أفريقيا تمارس تعقيدًا مبالغًا في إجراءات تسجيل الأعمال التجارية والحصول على تصاريح الأعمال، بينما أدى التضارب في تنفيذ الإعفاءات الضريبية والحوافز إلى فشل تعزيز الشفافية، وتشجيع الاستثمار على الصعيد الإقليمي.
ووفقًا لتقرير وزارة الخارجية الأمريكية لعام 2016، فإن بلدان شرق أفريقيا تظهر مناخًا استثماريًّا متباينًا يجعل من الصعب جذب الاستثمارات.